Административно-управленческий аппарат
Финансово-экономическая служба
Юридическая служба
Кадровая служба
Отдел подготовки и аттестации научных и научно-педагогических кадров
Научные подразделения
Центр археологии каменного века
Центр археологии эпохи металла
Южно-Уральский археологический центр
Центр методологии и историографии
Центр политической и социокультурной истории
Лаборатория междисциплинарных гуманитарных исследований
Группа охранных археологических исследований
Служба научно-информационного обеспечения
Вспомогательные подразделения
Административно-хозяйственная часть
Специалисты